Mahad Bawwabatul Mustaqbal berfokus pada pembelajaran ilmu diniyyah kepada para santri sebagai bekal mereka dalam melanjutkan pendidikan di perguruan tinggi serta dapat berperan dalam dakwah di sekitar mereka. Selain itu, program unggulan lainnya di Ma’had Bawwabatul Mustqbal adalah menghafalan Al-Qur’an lebih dari 10 juz mutqin serta memahami kandungannya.
Sebagai bentuk apreasi dalam menghafal Al-Qur’an, para asatidz memberikan hadiah kepada santri terbaik dalam satu semester dengan berbagai penilaian seperti banyaknya hafalan, banyaknya mereka setoran Al-Qur’an dan kedisiplinan serta kegigihan mereka dalam menghafal Al-Qur’an.
